No começo havia Aion, o deus de Atreia que vigiava os humanos através da Torre da Eternidade, o centro do mundo e a fonte de seu poder. Ele então criou os Balaur, grandes e poderosos seres que deveriam proteger os humanos, mas que acabaram tendo sede por poder e começaram a atacar os humanos sem obedecer as ordens de Aion. Aion então criou os doze Lordes Empyreanos, seres de poder e divindade que protegiam a terra em torno da torre onde as pessoas começaram a morar e criar uma civilização. Com o tempo, alguns humanos ascenderam e se tornaram Daevas, seres que assim como os Lordes possuíam asas e a habilidade de lutar contra os Balaur.

Com o tempo, o número de Daevas aumentou o suficiente para se criarem exércitos e os Lordes Empyreanos se juntaram aos Daevas na luta contra os Balaur. Eventualmente Israphel, um dos Lordes e também um dos Guardiões da Torre da Eternidade, sugeriu a paz. Ariel concordou, sugerindo que se Israphel pode superar sua raiva pelos Balaur, todos os Lordes também poderiam. Cinco dos Lordes Empyreanos, liderados por Azphel, discordaram. Eles consideraram a paz como tola e como um sacrilégio contra os mortos. Porém, a segunda guardiã da torre, Siel, foi tomada pela paz e sua decisão selou os argumentos. Cinco Lordes dos Balaur foram convidados para dentro da Torre da Eternidade para as conversas de paz. Antes que discussões pudessem começar, alguém atacou e matou um Lorde Balaur. Foi então que os Balaur atacaram a Torre e a destruíram; o cataclisma resultante quebrou Atreia pela metade. Os dois guardiões da Torre, Israphel e Siel, rapidamente se moveram para os pontos opostos da Torre, junto com os outros Lordes Empyrea nos e Daevas. O sacrifício de suas vidas permitiu que as duas metades do planeta não se separassem no espaço. Dos doze Lordes originais, dez Lordes Empyreanos sobreviveram. Cinco eram contra a paz e diziam que a fraqueza dos outros Lordes foi o que permitiu o ataque dos Balaur, estes cinco Lordes dominaram o lado superior e sombrio de Atreia, e ficaram conhecidos como os Lordes Shedim. Os outros cinco Lordes reinam sobre o lado inferior de Atreia, que foi abençoado pela luz, e estes cinco Lordes dizem que foram as ações dos Lordes Shedim que causaram o conflito. Eles são conhecidos como os Lordes Seraphim.

Aqueles que viviam na parte inferior do planeta, onde uma estrela ainda ilumina o dia, ficaram conhecidos como Elyos, e estes viram poucas mudanças depois do cataclima. Estes seguidores dos Lordes Seraphim criaram a cidade de Sanctum. Os habitantes da parte superior ficaram conhecidos como Asmodians, e encontraram muitas mudanças depois do cataclisma. Tendo que lutar contra bestas, partes de suas mãos se tornaram como garras e seus pés ficaram semelhantes a patas. A escuridão fez com que sua pele ficasse azulada e seus olhos ficaram vermelhos depois de se adaptar a falta de luz. Eles vivem na cidade de Pandaemonium, sob o comando dos Lordes Shedim."

É com esta premissa que o jogador é apresentado ao mundo de Aion, o mais novo MMO da NCSoft e que já conta com mais de 3 milhões de assinantes somente na Coréia do Sul, pais onde ele foi originalmente lançado.

Os jogadores vão encontrar muito o que fazer no mundo de Atreia, onde o conflito entre as três facções, duas controladas por jogadores e uma pelo computador, é constante.